Отдел организован в 1923 г. Первыми его заведующими были известные ученые, соратники Н. И. Вавилова – Л. И. Говоров и Н. Р. Иванов.
В истории отдела имена известных ученых, внесших неоценимый вклад в разработку ботанической классификации зерновых бобовых культур, вопросов их эволюции, географии, биологии, в создание исходного материала и технологий селекции:

Л. И. Говоров, Р. Х. Макашева, Н. Р. Иванов, В. И. Буданова (фасоль), Е. И. Барулина, З. А. Лузина (чечевица), В. С. Муратова (бобы), В. С. Федотов (люпин, горох), В. Б. Енкен, К. К. Дагаева, Н. И. Корсаков, Л.Г.Щелко (соя), Г.М.Попова (нут), А.М.Павлова (нут, вигна), Ф.Л.Залкинд (чина), Л.В.Леокене, С.И.Репьев (вика),  С.И.Степанова, Б.С.Курлович (люпин), Р.Б.Демина (бобы, нут), Т.А.Волузнева (чечевица, вигна).

В настоящее время в отделе сохраняется крупнейшая в Европе и богатейшая по ботаническому составу коллекция зерновых бобовых культур: более 46 тыс. образцов – представителей 203 видов и 15 родов семейства Бобовые (гороха, фасоли, сои, люпина, вики, бобов, чечевицы, чины, нута, вигны и их диких родичей).
Сотрудники отдела принимают активное участие в экспедиционных обследованиях Российской Федерации и других стран для привлечения в коллекцию отсутствующих в ней сортов и диких видов зернобобовых.
При оценке коллекции осуществляется поиск источников скороспелости, продуктивности, устойчивости к болезням и неблагоприятным факторам среды, азотфиксирующей способности образцов, совместно с отделом биохимии - качества зерна и зеленой массы.
Большая работа осуществляется на экспериментальных полях Пушкинского филиала ВИР по оценке адаптивного потенциала теплолюбивых культур сои, фасоли, чины для выявления возможностей продвижения ареала этих культур на север. По итогам оценки коллекции ежегодно издаются каталоги (публикации).
Фундаментальные исследования отдела включают вопросы систематики и филогении, систем семенной репродукции растений, использования методов геномики для изучения структуры и систематизации состава коллекции
Сотрудниками отдела лично и в соавторстве созданы сорта бобов – Вировские, Карадах, Украинские слободские, фасоли – Ребус, гороха овощного – Первенец и Екатерининский, чечевицы – Екатерининская зеленосемянная.
Коллекция используется прежде всего в качестве исходного материала для селекции, для чего в селекционные учреждения страны ежегодно рассылается более 3 тыс. образцов. Отдел также сотрудничает со многими вузами страны, где коллекцию изучают и используют в качестве учебного демонстрационного материала.
Обширные международные связи включают обмен образцами и выполнение совместных проектов с научными учреждениями Австралии, Польши, Китая, Франции, Канады, Сирии, Сербии, Чехии и др., участие в международных совещаниях.
Методической основой работы являются изданные в разные годы монографии: Муратова В.С. "Бобы (Vicia faba L.)" (1931), Залкинд Ф. Л. «Чина» (1953), Иванов Н.Р. «Фасоль» (1961),  Р.Х.Макашева «Горох» (1973), тома «Культурной флоры": "Горох" (1979) и "Вика" (1999), "Теоретические основы селекции (люпин, вика, соя, фасоль)" (1995).
Сотрудники отдела постоянно занимаются популяризацией знаний озернобобовых культурах, выступая с лекциями и публикуя материалы в популярных изданиях и в интернете, выступая с докладами на совещаниях разного уровня, в том числе форумах «Хлеб и зерно России», а также международной организации “Slow food”. Издана книга «Горох, бобы, фасоль…» (2000) для широкого круга пользователей.
В отделе 11 научных сотрудников, из них 1 доктор  и 6 кандидатов наук.